发展规划处/“双一流”建设办公室是负责学校政策研究、事业规划、综合改革工作，并对“双一流”建设进行统筹协调的职能部门，与高教研究与质量评价中心联合办公。设两个内设机构：规划与综合办公室、学科建设办公室。
规划与综合办公室
负责大学战略管理研究，包括搜集整理学校基础数据，开展院校对比研究，提供学校中长期发展战略及年度发展思路建议；负责学校事业发展规划，包括组织编制、中期调整学校中长期事业发展规划；负责综合改革研究，包括组织各级综合改革项目的申报、协调和管理；负责组织“双一流”建设学校总体规划的拟定、报批和考核验收。
学科建设办公室
负责组织“双一流”建设国家和省级一流学科规划的审定、报批和考核验收；负责学科建设管理，包括制定学校中长期学科建设规划、学科建设规章制度，指导监督各学科建设，组织学科带头人遴选考核，学科建设专项的规划、立项、督促和考核等；负责学科发展研究，包括跟踪分析学科国内国际发展状况及趋势，形成调研报告供学校领导决策参考。
高教研究与质量评价中心
高教研究与质量评价中心是负责学校高等教育研究、教育教学质量评估与监督的公共服务机构。负责组织开展高等教育研究，包括收追踪分析高等教育改革发展方针、政策、战略、动态等信息，形成调研报告供学校领导决策参考，编辑、出版、发行《成都中医药大学学报》（教育科学版）；负责开展学校教育教学质量评估与监督，包括组织和服务校级教学质量检查等教学质量监控工作，指导和监督基层教学组质量保证织体系建设，组织实施各项专业认证、评估和第三方评估工作。
目标管理办公室
1.负责制定目标管理和绩效管理实施和考评方案。
2. 组织协调各部门、学院年度目标任务下达和考核测评指标拟定工作，监控目标管理任务实施情况，负责目标管理考核工作。
3.受理目标管理考核过程中的投诉与建议，确保考核过程公平、考核结果公开。
4.通过实施目标管理考核为组织、人事部门干部考核、绩效奖励、职称评审、职务升迁和各类评奖评优提供依据。
5.负责向目标管理领导小组提交年度考核结果报告和奖惩方案。
6.负责反馈部门、学院年度考核结果和改进优化目标任务。
7.负责目标管理方面文件、材料的整理与归档工作。
8.完成处领导交办的其他工作任务。